2006年1月13日，由江陰市政府、上海港集裝箱股份有限公司及江蘇江陰港港口集團股份有限公司共同出資組建的江陰蘇南國際集裝箱碼頭有限公司正式成立。3號碼頭是新港區的重要組成部分，其產權為江陰市政府所有，採取"地主型"港口管理模式租賃給蘇南公司經營。在加快新港區3號碼頭建設開放的同時，江陰臨港新城管委會與蘇南公司一起積極開辟貨源市場，加大攬貨力度，加快業務整合，圓滿完成了臨港新城建設"500天行動計劃"的節點任務要求，于3月2日正式開港。    

    新港區3號碼頭全長539米，共有1萬噸、2萬噸、3萬噸級泊位各1個，可同時停靠萬噸級船舶3艘，最大靠泊能力5萬噸級。碼頭前沿水深－12米，終年不凍不淤。3號碼頭內港池長1090米，前沿水深－4至－5米，可同時停靠5000噸級船舶8艘。港區陸域面積105萬平方米，其中堆場面積50萬平方米，3號碼頭是多功能綜合性公用碼頭，按照集裝箱專營業務要求規劃建設，年設計吞吐能力逾百萬標箱。新港區3號碼頭是專業的集裝箱碼頭，碼頭運營安全、高效、優質、便捷。經過充分調研，江陰外貿貨物通過江陰港出運比陸路經由上海出運平均提前1-2天時間，費用節省500到1000元每標箱。

    3號碼頭開港以來，內貿業務營運情況良好，航線航班日漸增加，到目前為止已開通了至上海吳淞、廣州黃浦、福建泉州、廈門、重慶等二十余條航線，平均每日停靠集裝箱班輪約8艘。6月13日，新港區正式啟動了外貿業務作業，開辟外貿內支線航班，銜接上海外高橋港和洋山港。新港區3號碼頭各項建設項目正在緊張進行。按照目前的建設進度，今年第四季度，碼頭的一期堆場設施和檢查檢驗設施設備以及大型裝卸設備（如外港兩臺橋吊及堆場的軌道吊等）能夠完成和到位，可以滿足明年50萬標箱的生產需要。同時第四季度將完成新港區3號碼頭的對外開放工作，以保障開辟外貿直達航線。

    1-11月全港累計完成集裝箱吞吐量達113678標箱，同比去年增長162%，其中11月份完成14095標箱，同比增長199.9%，又創造了江陰港單月作業的新記錄。新港區自3月份開港以來，吞吐量持續不斷上升，從3月當月的132標箱，月月以幾何級增長，4月1651標箱，5月4206標箱，6月5053標箱，7月份達7082標箱，8月份達8012標箱，9月份為9034標箱，10月份9050標箱，11月份達9195標箱。11月2日，全港首次突破10萬標箱，達100217標箱，提前59天完成"500天行動計劃"中10萬標箱的目標任務。按照目前的吞吐量和發展情況，全年新港區可完成6萬標箱，全港可完成12.8萬標箱。