全會確定了當前和今後一個時期加強黨的執政能力建設的主要任務和各項部署。要堅持把發展作為黨執政興國的第一要務，不斷提高駕馭社會主義市場經濟的能力，扭住經濟建設這個中心不動搖，堅持科學發展觀，堅持社會主義市場經濟的改革方向，全面提高對外開放水平，完善黨領導經濟工作的體制機制和方式。要堅持黨的領導、人民當家作主和依法治國的有機統一，不斷提高發展社會主義民主政治的能力，推進社會主義民主的制度化、規范化和程序化，貫徹依法治國基本方略，推進決策的科學化、民主化，加強對權力運行的制約和監督，改革和完善黨的領導方式。要堅持馬克思主義在意識形態領域的指導地位，不斷提高建設社會主義先進文化的能力，加強馬克思主義理論研究和建設，深化文化體制改革，牢牢把握輿論導向，加強和改進思想政治工作，優先發展教育和科學事業。要堅持最廣泛最充分地調動一切積極因素，不斷提高構建社會主義和諧社會的能力，不斷增強全社會的創造活力，妥善協調各方面的利益關係，推進社會管理體制創新，加強和改進新形勢下的群眾工作，維護社會穩定。要堅持獨立自主的和平外交政策，不斷提高應對國際局勢和處理國際事務的能力，提高科學判斷國際形勢和進行戰略思維的水平，掌握處理國際事務的主動權，增強同國際社會交往的本領，堅決維護國家安全。全黨要緊緊圍繞上述任務，不斷研究新情況、解決新問題、創建新機制、增長新本領，全面加強和改進黨的建設，使黨的執政方略更加完善、執政體制更加健全、執政方式更加科學、執政基礎更加鞏固。
全會強調，堅持國防建設與經濟建設協調發展，建設一支現代化、正規化的革命軍隊，是黨執政的一項重大戰略任務。要堅持黨對軍隊的絕對領導，按照政治合格、軍事過硬、作風優良、紀律嚴明、保障有力的總要求，緊緊圍繞打得贏、不變質兩個歷史性課題，積極推進中國特色軍事變革和軍事鬥爭準備，加強軍隊全面建設。
全會指出，保持香港、澳門長期繁榮穩定是黨在新形勢下治國理政面臨的嶄新課題。要堅持“一國兩制”、“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治的方針，嚴格按照特別行政區基本法辦事，不斷開創“一國兩制”事業的新局面。解決臺灣問題、實現祖國的完全統一是黨肩負的神聖使命。要貫徹“和平統一、一國兩制”的基本方針和現階段發展兩岸關係、推進祖國和平統一進程的八項主張，推進祖國統一大業。堅決反對和遏制“臺獨”分裂勢力，堅定不移地捍衛國家主權和領土完整。
全會強調，提高黨的執政能力，關鍵在于加強黨的建設。要以加強黨的執政能力建設為重點，全面推進黨的建設新的偉大工程。堅持用鄧小平理論和“三個代表”重要思想武裝全黨，建設一支善于治國理政的高素質幹部隊伍，把各級領導班子建設成為堅強領導集體，使黨的基層組織真正成為貫徹“三個代表”重要思想的組織者、推動者、實踐者，增強黨的團結和活力。進一步加強黨風廉政建設，深入開展反腐敗鬥爭。
全會審議通過了《中國共產黨第十六屆中央委員會第四次全體會議關于同意江澤民同志辭去中共中央軍事委員會主席職務的決定》和《中國共產黨第十六屆中央委員會第四次全體會議關于調整充實中共中央軍事委員會組成人員的決定》。
全會高度評價江澤民同志為黨、為國家、為人民作出的傑出貢獻。江澤民同志是中國共產黨第三代中央領導集體的核心。從黨的十三屆四中全會到黨的十六大的１３年中，在國際國內十分復雜的形勢下，以江澤民同志為核心的黨的第三代中央領導集體，高舉鄧小平理論偉大旗幟，堅持黨的基本路線不動搖，團結帶領全黨全國各族人民，抓住機遇、深化改革、擴大開放、促進發展、保持穩定，推動中國特色社會主義事業取得了舉世矚目的新進展。江澤民同志擔任中央軍委主席１５年來，深刻洞察和把握世界新軍事變革的發展趨勢，對加強國防和軍隊現代化建設提出了一係列新論斷、新舉措，豐富和發展了毛澤東軍事思想和鄧小平新時期軍隊建設思想，創立了江澤民國防和軍隊建設思想，領導國防和軍隊現代化建設取得了巨大成就。江澤民同志堅持馬克思主義的思想路線，尊重實踐，尊重群眾，集中全黨智慧創立“三個代表”重要思想，實現了我們黨在指導思想上的又一次與時俱進。“三個代表”重要思想是馬克思主義中國化的最新成果，是實現全面建設小康社會宏偉目標的根本指針，必須貫徹到社會主義現代化建設的各個領域，體現在黨的建設的各個方面。
全會決定，胡錦濤任中共中央軍事委員會主席。全會一致認為，這有利于堅持黨對軍隊絕對領導的根本原則和制度，有利于加強軍隊的革命化、現代化、正規化建設。
全會決定，徐才厚任中共中央軍事委員會副主席，增補陳炳德、喬清晨、張定發、靖志遠為中共中央軍事委員會委員。
全會按照黨章規定，決定遞補中央委員會候補委員艾斯海提·克裏木拜、王正偉為中央委員會委員。
全會審議並通過了《中共中央紀律檢查委員會關于田鳳山問題的審查報告》，決定撤銷田鳳山中央委員會委員職務，給予其開除黨籍處分。
全會號召，全黨同志更加緊密地團結在以胡錦濤同志為總書記的黨中央周圍，高舉馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟，全面貫徹黨的十六大精神，同心同德，艱苦奮鬥，扎實工作，開拓進取，帶領全國各族人民為全面建設小康社會、實現中華民族的偉大復興而不懈奮鬥！（完）
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