1980年6月24日，中共中央以中發（1980）65號文件，批準了中央組織部和解放軍總政治部聯合提出的關于為“新疆馬明方案”平反的報告，該文件稱：“事實證明，所謂‘新疆馬明方叛徒集團案’，是林彪一夥和康生等人制造的一起冤案，應推倒強加給馬明方、張子意等同志的一切不實之詞，徹底平反，恢復名譽。”那麼，這究
竟是怎麼一回事呢？
迪化抗日 虎口脫身
1937年10月，中國共產黨與新疆邊防督辦盛世才建立了新疆抗日民族統一戰線，同時，在省城迪化（今烏魯木齊）設立了八路軍駐新疆辦事處，陳雲為首任中共駐新疆代表兼八路軍駐新疆辦事處主任。此後，應盛世才的要求，我黨相繼抽調了70多名幹部，由盛世才安排進新疆的群眾團體、政府機關以及財稅、文教、新聞、軍事等部門工作。在繼任中共駐新疆代表鄧發（化名方林）、陳潭秋（化名徐傑）的領導下，他們克服了環境復雜、條件艱苦等諸多困難，嚴于律己，勤奮工作，堅決執行黨的抗日民族統一戰線，為鞏固新疆這個全國抗日的大後方，保障新疆這條重要國際交通線的暢通，並為推動新疆的經濟發展和社會進步，作出了很大貢獻。與此同時，我黨還從“新兵營”和延安抗大等處挑選了43名幹部、戰士進入新疆航空隊學習飛機的駕駛和修理等技術。另外，在1939年秋至1941年夏期間，我黨有一些殘疾軍人來到迪化養病，還有一批幹部自蘇聯回國途經新疆時，由于經過蘭州、西安去延安的道路被國民黨頑固派重兵封鎖，使他們被迫滯留于迪化。曾擔任過中共陜北省委書記、陜北省首屆蘇維埃政府主席等職，並于1938年赴蘇聯治病和學習的馬明方，在1941年回國時，也被阻于此。遵照黨中央的指示，他在八路軍駐新疆辦事處擔負起黨支部書記的職責。
本質上善于趨炎附勢、政治投機的盛世才，其結好蘇聯、聯合中共的根本目的是想夯實他在新疆的統治基礎，鞏固他在新疆的“土皇帝”地位。
國內抗戰進入相持階段後，國民黨頑固派不斷掀起反共逆流，制造了震驚中外的“皖南事變”。中國共產黨及其領導下的八路軍處境維艱；國際上，由于蘇聯被卷入第二次世界大戰，自身難保，無暇東顧，更無能為盛世才當局提供幫助了。于是，盛世才決定更換門庭，投靠蔣介石，大舉反蘇反共。
1942年9月初，盛借口“容易保護與免被國民黨發覺”，先是將分住在羊毛湖、“新房子”招待所和八路軍駐新疆辦事處的中共黨員，全部集中在八戶梁原土產公司的一個倉庫院內，繼之又分批將他們軟禁起來，使未及撤離的在新疆的中共黨員及其家屬子女128人全部失去自由。
自1943年2月7日夜起，盛世才撕去偽裝，正式抓人，至4月13日，入獄的中共黨員幹部已達60人。
自3月10日起，蔣介石派駐迪化的所謂“特派新疆審判團”，夥同盛世才對獄中的中共黨員進行了歷時3個月的審訊迫害。期間，有15名中共人員被提審，其中對陳潭秋、毛澤民、林基路等人的刑訊逼供尤為慘烈。但陳潭秋等人始終堅貞不屈、據理駁斥，使敵人的多項陰謀歸于破產。9月27日，經請示蔣介石批準後，盛世才最終以莫須有的“危害民國”罪，將陳潭秋、毛澤民和林基路秘密殺害。
為了抗議敵人的虐待和暴行，獄中的中共黨員發動聯合絕食鬥爭，另外，獄中黨組織看穿了盛試圖以當“工犯”的手段來收買中共同志的詭計，便領導大家堅決抵制，也取得了勝利。
盛世才調離新疆後，吳忠信于10月初被蔣介石任命為新疆省主席。上臺伊始，他就把盛世才軟禁的中共人員幾乎全部投入監獄。
在吳忠信集中精力對省政府實施改組之際，處于混亂中的監獄就非常有利于被集中關押在各牢房的中共黨員之間的聯係。于是，以張子意、馬明方等為核心的獄中黨組織在總結前一階段的鬥爭經驗與教訓的基礎上，制訂了新的對敵鬥爭方針與策略，適時提出了“百子一條心，集體無條件釋放回延安”的口號，使全體中共黨員更加緊密團結起來，連續開展了三次大規模的反普遍審訊鬥爭和集體絕食鬥爭，有力地揭露了盛世才殘酷殺害陳、毛、林的罪行，挫敗了國民黨策反中共人員的圖謀。
中共黨員在新疆被軟禁關押的消息，很快即由共產國際轉遞給中共中央，黨中央又迅速電請在八路軍駐重慶辦事處工作的周恩來設法營救。經多方努力，國民黨當局迫于壓力，遂于1946年4月同意釋放新疆在押中共人員。
歷經一個月的長途跋涉，行程3000多公裏，這批被釋放的人員終于在7月11日勝利回到延安。不久，馬明方、張子意除向劉少奇口頭匯報了中共人員在新疆獄中鬥爭的情況而外，還認真深入總結經驗教訓，寫出了《在新疆監獄中反法西斯鬥爭經過報告》，報送中央組織部。原新疆航空隊中共黨支部提交了《航空隊黨支部關于在新疆學習與生活情況給中央的報告》。經過3個月的休整之後，這批中共黨員，又奉命奔赴新的工作崗位，為中國人民的解放事業作出了新的貢獻。
