國家信訪局 （由國務院辦公廳管理）局長：王學軍 （2004年2月任）
國家糧食局（由國家發展和改革委員會管理）局長：任正曉（2012年4月任）
國家能源局（由國家發展和改革委員會管理）：劉鐵男（2011年1月任職 ）
國家國防科技工業局（由工業和信息化部管理）：陳求發（2008年3月兼任 ）
國家煙草專賣局（由工業和信息化部管理）局長：姜成康
國家外國專家局（由人力資源和社會保障部管理）局長：張建國（2011年2月任）
國家公務員局（由人力資源和社會保障部管理）：尹蔚民（2008年3月兼任 ）
國家海洋局（由國土資源部管理）局長：劉賜貴（2011年2月任）
國家測繪地理信息局（由國土資源部管理）局長：徐德明（2008年10月任）
中國民用航空局（由交通運輸部管理）：李家祥（2008年3月兼任 ）
國家郵政局（由交通運輸部管理）局長：馬軍勝（2006年12月任 ）
國家文物局 （由文化部管理）局長：勵小捷 （2012年2月任）
國家食品藥品監督管理局（由衛生部管理）局長：尹力（2012年2月任命 ）
國家中醫藥管理局（由衛生部管理）局長：王國強（2007年任 ）
國家外匯管理局（由中國人民銀行管理）局長：易綱（2009年7月任 ）
國家煤礦安全監察局（由國家安全生產監督管理總局管理）局長：付建華（2012年2月任）
* 國家保密局局長：夏 勇（2010年5月任）
* 國家密碼管理局局長：張彥珍
* 國家航天局局長：孫來燕（2010年5月免職）
* 國家原子能機構主任：陳求發（兼）
* 國家語言文字工作委員會主任：趙沁平
* 國家核安全局局長：李幹傑（2007年1月任 ）
* 國家保密局與中央保密委員會辦公室、國家密碼管理局與中央密碼工作領導小組辦公室，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機關的下屬機構。工業和信息化部對外保留國家航天局、國家原子能機構牌子。教育部對外保留國家語言文字工作委員會牌子。環境保護部對外保留國家核安全局牌子。
