水資源有河川徑流（地表水），地下水資源及黃河過境水組成。多年平坦針表水資源量為6.9億立方米，保證率50%、75%、95%地表水年總量分加別為5.49億立方米、3.74億立方米和2.54億立方米。地下水年總補給量為8.69億立方米，地下水年可開採量5.8億立方米。人均水資源佔有量僅為625立方米，分別為全國、全區人均水資源佔有量的28%、29.6%。 水資源極其匱乏，目前城區日缺水8萬立方米，城區地下水嚴重超採，城區及近郊200平方公裏范圍內淺層水幾乎疏幹，深層水降落漏鬥面積已超過500平方公裏，平均每年下降1.6米，漏鬥中心下九深達53米。由于大量開採地下水，引起補給區環境地質和水文地質條件的變化，造成地下深層承壓水補給量有逐年減少的趨勢。為了長期解決城市用水問題，已開始實施引黃工程。 黃河在境內全長190.5公裏，多年平均過境黃河徑流量為248.2億立方米，保證率為50%75%時徑流量分別為243.2億立方米和203.5億立方米。水利部黃河水利委員會分配給內蒙古自治區58.6億立方米的水量中批準給呼和浩特市引黃代水工程2.2億立方米，給新建托克托電廠供水0.8億立方米，給市黃河灌區2.2億立方米。由于引黃灌區面積的擴大，城市生活和工業用水的大幅度增加，大大低于所用需量。為此呼市已申請增加引黃水量指標。已爭取有力的節水和污廢水處理回用等措施。
