自治區紀律檢查委員會機關、監察廳內設15個職能廳、室和機關黨委。

(一)辦公廳

    協助委(廳)領導處理機關日常工作，協調機關政務工作；負責會議組織、綜合性材料的起草和機關文秘、檔案、機要、調研、信息、督查、安全保衛、保密等工作；負責全區紀檢、監察案件的綜合、分析、統計和檔案管理工作；負責機關行政管理工作。辦公廳下設2個處：秘書處、行政處。

(二)監察綜合室

    負責研究、綜合行政監察工作情況和處理日常行政監察事務；負責起草行政監察工作的有關文件、材料；負責以監察廳或廳辦公室名義對外聯係；督促檢查廳長辦公會決定事項的落實，負責廳特邀監察員有關工作；對反腐敗抓源頭工作進行政策調研和組織協調；對全區監察綜合工作進行業務指導

(三)政策法規研究室

    圍繞紀檢、監察工作中心任務，組織重大課題的調查研究，進行紀檢監察理論研究；研究起草全區黨的紀律檢查和行政監察規范性文件，參與或配合有關機關制訂有關黨內和行政法規、規章；指導全區紀檢、監察調研和政策法規工作；指導監察學會的工作。

(四)執法監察室

    負責監察行政機關貫徹執行黨的路線、方針、政策、國家法律、法規和決定、命令情況；組織開展重要的執法監察活動；參與政府及有關部門開展的執法檢查活動和重大責任事故的調查處理工作。