藏區出現的佛教宗派雖然很多，但總的分為兩大類，這就是寧瑪（舊派）和薩瑪（新派）。在此基礎上形成了四大教派，信守古老密宗教義為主的寧瑪派和以遵循新的密宗教義為特徵的薩迦、噶舉、格魯等教派。
寧瑪是藏傳佛教最古老的教派。它的歷史追溯到８世紀吐蕃藏王赤松德讚時期的蓮花生大師。寧瑪派作為一種有係統教義、寺院和僧伽組織的正式教派形成于１１世紀，直到１６世紀，在西藏統治者的大力扶植下有了顯著的發展，並出現了規模比較大的寺院━━西藏的敏珠林寺、土登多傑扎寺和四川西部的竹慶寺等。
１１世紀由瑪爾巴和米拉日巴師徒傳承下來的教派稱為噶舉派。由于這個教派在傳承密宗時注重師徒口耳相傳，故有噶舉之稱。米拉日巴作為一個著名的宗教實踐家，為該派的傳播和形成做出了很大貢獻。自米拉日巴起，專居荒郊進行苦修成為該教派的一大特色。許多僧侶終身留發，頭頂發髻，常進山洞修行。噶舉派後來分化出“四大支八小支”，使該教派成為藏區支係最多的教派，但最後保存下來的只有幾個支派，即噶瑪噶舉（分黑帽係和紅帽係兩派）、止貢噶舉、達壟噶舉、主巴噶舉等。每個支派以一個主要寺院作為據點和中心，稱為母寺或主寺，如噶瑪噶舉以拉薩北部的楚布寺為主寺，達壟噶舉以拉薩北部的達壟寺為母寺，止貢噶舉以墨竹工卡附近的止貢寺為主寺，康區以德格的八邦寺為中心寺院。在羊卓雍錯南面的桑頂寺是藏區唯一女活佛轉世的噶舉派寺院，該教派在藏區首先採取了活佛轉世制度。
１０７３年，昆·滾曲傑波創建薩迦寺，由此形成薩迦教派；又因此派寺院圍墻涂有象徵文殊、觀音和金剛手菩薩的紅、白、黑三色條紋，俗稱花教。該教派的教主由家族世代相承，不禁娶妻和生兒育女。修習顯密二法，而以密法傳承。至元代薩迦派勢力最盛，公元１２４７年，薩迦四祖應中國元朝的前身蒙古汗國的王子闊端召請，在涼州（今甘肅武威）與闊端議定了西藏歸順的條件，並致信西藏僧俗各界予以施行。１２７１年元朝建立。自此西藏地方正式納入中國元朝等歷代中央政府的管轄。第五祖八思巴被元世祖忽必烈封為帝師，領宣政院事，執掌西藏的政教大權。政教合一的統治由此教派開始。
１５世紀初葉，格魯教派的創立者宗喀巴針對當時佛教各教派戒律廢弛，僧人追逐世俗權勢財富等情況，主張僧侶嚴守戒律、崇尚苦行、獨身不娶、脫離農事，教義上強調先顯後密，循序漸進地學習。在眾多封建領主的支持下，格魯派勢力迅猛發展，最終成為西藏佔絕對優勢的藏傳佛教教派。宗喀巴在世時，該教派以他親自創建的甘丹寺為主寺，所以又稱甘丹派；又因宗喀巴及其弟子為了區別于舊的各教派，乃頭戴黃帽，故又俗稱黃教。該教派也採用活佛轉世係統，達賴和班禪是該教派中最大的兩大活佛轉世係統。著名的格魯派寺院有西藏的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺（這三個寺俗稱拉薩三大寺）、扎什倫布寺（班禪的駐錫寺院）、昌都寺（帕巴拉的駐錫寺院）等，以及青海的塔爾寺、甘肅的拉卜楞寺等。（完） | 
