監察機關的調查不同于檢查，檢查的對象帶有隨機性，目的在于通過檢查，了解監察對象遵紀守法、依法行政的情況，從中總結經驗，吸取教訓，也從中找出問題、解決問題。而調查的對象則具有確定性，即是具有違反行政紀律嫌疑的行政機關、國家公務員或者行政機關任命的其他人員。

    《行政監察法》第30條規定，監察機關按下列程序對違反行政紀律的行為進行調查處理：（1）初步審查和立案。即對需要調查處理的事項進行初步審查，認為有違反行政紀律的事實，需要追究行政責任的，予以立案。對重要復雜案件的立案，應當依法報本級人民政府和上級監察機關備案。（2）立案後要組織實施調查取證工作。首先要組織好調查班子，制定調查方案並積極組織實施。調查應全面收集證據，即對能證明監察對象有違法違紀行為的證據或者沒有違法、違紀行為的證據都應收集。調查需要有關方面協助的，可按《行政監察法》第22條的規定，提請有關機關予以協助，調查的事項如涉及其他單位和個人的，監察機關有權根據《行政監察法》第26條的規定進行查詢，所涉及的機關和個人有義務予以協助。調查中監察機關應當按《行政監察法》第33條的規定，充分聽取被監察部門和人員的陳述和早辯。（3）審理。對調查有證據證明被調查對象有違反行政紀律的事實，需要給予行政處分或者其他處理的，應由專門的審理人員進行審理，審理中如發現證據不充分或手續不完備的，應請示監察機關負責人，經同意後可以補充調查或補辦手續。對重要、復雜的案件或者調查人員和審理人員有不同看法，或者審理人員覺得對如何處理有困難的，應提交審理委員會審議。（4）作出決定或提出建議。根據審理的結果，如遇有《行政監察法》第24條規定的兩種情形的：違反行政紀律，依法應當給予行政處分的；違反行政紀律取得的財物，依法應當沒收、追繳或者退賠的，監察機關既可以直接作出監察決定，也可提出監察建議。但關于行政處分的決定或建議，應當按國家有關人事管理權限和處理程序的規定辦理。如遇有《行政監察法》第23條規定的情形，應提出監察建議。